在八十余年的輝煌所史中，研究所系統(tǒng)開展了我國湖泊綜合調(diào)查與科學(xué)考察，創(chuàng)建了我國湖泊流域科學(xué)研究的理論體系；開辟了中國湖泊沉積與全球變化研究，奠定了古湖沼學(xué)與過去全球變化研究在國內(nèi)的領(lǐng)先地位；開拓了我國湖泊濕地資源高效利用模式，有效解決了20世紀(jì)60-70年代食物資源短缺、蛋白質(zhì)供給不足等民生問題；開創(chuàng)了中國國情分析研究，率先提出了建立節(jié)約型國民經(jīng)濟體系的主張；開展了中國農(nóng)業(yè)區(qū)劃研究與專題地圖編制，推動中國區(qū)域地理學(xué)的發(fā)展；拓展了中國沿海海面變化與區(qū)域響應(yīng)及長江流域可持續(xù)發(fā)展綜合研究等。

    如今，研究所面向?qū)W科前沿和國家需求，長期聚焦湖泊-流域關(guān)鍵過程與多要素相互作用機理、湖泊-流域系統(tǒng)演變及對人類活動的響應(yīng)與綜合管理兩大基礎(chǔ)科學(xué)問題；圍繞湖泊生態(tài)系統(tǒng)演化、湖泊環(huán)境治理、流域地理與可持續(xù)發(fā)展三大學(xué)科領(lǐng)域，著力發(fā)展湖泊沉積與環(huán)境演變、湖泊生物與生態(tài)、物理湖泊與水文、湖泊環(huán)境與工程、湖泊-流域過程與調(diào)控、流域資源與生態(tài)環(huán)境、區(qū)域人文經(jīng)濟地理、遙感與地理信息科學(xué)八個研究方向，滿足國家在湖泊-流域環(huán)境治理與生態(tài)修復(fù)、區(qū)域可持續(xù)發(fā)展規(guī)劃與評估兩個應(yīng)用研究領(lǐng)域的重大需求，奠定研究所在國家科技創(chuàng)新體系中引領(lǐng)湖泊-流域科學(xué)創(chuàng)新發(fā)展的地位。

    目前研究所擁有一流的國家級研究平臺，建有湖泊與流域水安全全國重點實驗室(由湖泊與環(huán)境國家重點實驗室重組建設(shè)，已獲科技部批準(zhǔn)建設(shè))，以及所級公共技術(shù)中心、信息中心2個公共支撐平臺，擁有太湖湖泊生態(tài)系統(tǒng)研究站（國家站）、鄱陽湖湖泊濕地綜合研究站（國家站）、撫仙湖高原深水湖泊研究站、呼倫湖生態(tài)系統(tǒng)定位觀測研究站、天目湖流域生態(tài)觀測研究站、東非大湖與城市生態(tài)研究站、千島湖生態(tài)系統(tǒng)研究站共7個湖泊野外觀測站。

    近五年來，研究所獲得省部級以上獎勵17項，包括江蘇省科學(xué)技術(shù)一等獎3項，環(huán)境保護科學(xué)技術(shù)一等獎1項。發(fā)表論文2000余篇，其中SCI論文1500余篇，一區(qū)二區(qū)SCI論文近1000篇。據(jù)最新ESI排名，研究所環(huán)境學(xué)及生態(tài)學(xué)、地學(xué)、工程學(xué)以及植物與動物科學(xué)、社會科學(xué)5個學(xué)科躋身全球前1%，高被引論文達(dá)54篇。

    截至目前，研究所共有在職職工近300人，其中研究員及正高級工程師近70人，副研究員及高級工程師近100人。國家高層次人才 60 余人，其中國家杰出青年科學(xué)基金獲得者9人、國家優(yōu)秀青年基金獲得者（含海外優(yōu)青）9人�，F(xiàn)設(shè)有地理學(xué)、環(huán)境科學(xué)與工程2個一級學(xué)科博士研究生培養(yǎng)點，自然地理學(xué)、人文地理學(xué)、地圖學(xué)與地理信息系統(tǒng)、環(huán)境科學(xué)等4個二級學(xué)科博士研究生培養(yǎng)點，自然地理學(xué)、人文地理學(xué)、地圖學(xué)與地理信息系統(tǒng)和環(huán)境科學(xué)等4個二級學(xué)科碩士研究生培養(yǎng)點以及資源與環(huán)境類別工程碩士（環(huán)境工程、城市與區(qū)域規(guī)劃 2 個研究方向）全日制專業(yè)學(xué)位培養(yǎng)點，并設(shè)有地理學(xué)、環(huán)境科學(xué)與工程一級學(xué)科博士后科研流動站。