中國水產(chǎn)科學(xué)研究院最早的研究所成立于1947年，之后陸續(xù)按照海區(qū)、流域和專業(yè)布局建立了其他研究所。1978年，經(jīng)國務(wù)院批準(zhǔn)正式建院。伴隨著改革開放和漁業(yè)大發(fā)展，我院綜合實力不斷增強，目前已發(fā)展成為學(xué)科齊全、布局合理、在國內(nèi)外具有廣泛影響力的國家級水產(chǎn)科學(xué)研究機構(gòu)，成為我國漁業(yè)科技的國家隊和主力軍，共設(shè)有漁業(yè)資源保護與利用研究、漁業(yè)生態(tài)環(huán)境研究、水產(chǎn)生物技術(shù)研究、水產(chǎn)遺傳育種研究、水產(chǎn)病害防治研究、水產(chǎn)養(yǎng)殖研究、水產(chǎn)加工與產(chǎn)物資源利用研究、水產(chǎn)品質(zhì)量與安全研究、漁業(yè)裝備與工程研究、漁業(yè)信息與經(jīng)濟研究等10個學(xué)科領(lǐng)域。全院現(xiàn)有3個海區(qū)所、4個流域所、2個專業(yè)所、4個增殖站以及院機關(guān)共14家法人單位。

目前，全院擁有中國工程院院士2名，“國家高層次人才特殊支持計劃”、“百千萬人才工程”國家級人選、“創(chuàng)新人才推進(jìn)計劃”等高層次專家95人，現(xiàn)代農(nóng)業(yè)產(chǎn)業(yè)技術(shù)體系首席科學(xué)家4人，崗位科學(xué)家68人，設(shè)有院級科技創(chuàng)新團隊97個。全院共有各類科技平臺近160個，包括：國家聯(lián)合實驗室、OIE參考實驗室等國家級平臺9個，部重點實驗室、臺站等省部級平臺75個，院實驗室、工程中心等院級平臺28個，國家級種質(zhì)庫1座、大中型調(diào)查船8艘、試驗基地38個。占地總面積7400畝。